此古卷出土於公元1947年的死海附近的庫姆蘭（Khirbet Qumran，或譯昆蘭或坎巒），故名為死海古卷。古卷主要是羊皮紙，部分是紙莎草紙。抄寫的文字以希伯來文為主，當中也有少數由希臘文、亞蘭文、納巴提文和拉丁文寫成。 一般認為這是公元後66年~公元後70年猶太人反對羅馬的大起義，被羅馬鎮壓失敗後，猶太教文化面臨滅頂之災，一些猶太教的苦行教徒將古卷埋在死海附近乾燥的地方，以求保全本民族文化。這些苦行教徒就是艾塞尼教派（Essenes）的庫姆蘭社團（昆蘭社團），不過也有人對此提出異議，提出這裏是奮銳黨的軍事秘密要塞的假說。

艾賽尼派（或譯「愛色尼派）是當時猶太教的四大派別之一，另外三大派別為撒都該人（Sadducess）、法利賽人（Pharisees）和奮銳黨（Zealots）。

死海經卷的被發現於在公元1947年。有個少年牧羊人的一頭羊進入了死海附近的洞穴裡，為了叫那頭羊出來，牧童因而對洞裡投擲石頭，結果打破洞穴裡的瓦罐，因而發現這些古經卷。撒母耳主教收購的死海山洞裡的古經卷，直到1948年2月才送到美國東方研究學院和耶魯大學，被近東語言研究院院長Burrows博士進行查核。其後的十年間，在11座洞穴挖掘出了裝有古卷的瓦罐，共找到約四萬個書卷或書卷殘篇。

學者從希伯來古文字體的對照上，鑑定死海古卷的年代約於公元前三世紀到公元一世紀（公元前250年至公元68年）（另有人說從公元前170年到公元前58年，沒有公元後）。由於完成年代距今已有二千多年，殘破不堪。出土的死海古卷中，最長的有8.148公尺。若包括頭尾部分，推測至少有8.75公尺長。

目前，主要的八部經卷都存放在以色列博物館；其餘的則保存在耶路撒冷的洛克斐勒博物館（Rockefeller Museum）。

發現《死海古卷》之後，有不少書刊陸續出版，讓世界各地的學者有機會讀到初步發現的資料。可是，要看到成千上萬來自4號洞穴的殘篇，就困難得多了。這些殘篇由東耶路撒冷（當時屬於約旦）巴勒斯坦考古博物館的一小群國際學者負責保管與解讀。由於當時約旦正與以色列正交惡，這個考古團隊裡並沒有任何猶太教或以色列學者，反而幾乎都是天主教出身的神父，以及基督教的學者，只有一位沒有宗教信仰的純學者。這樣的安排引起不少人非議。
該考古團隊的政策是，官方未公布研究結果前，就不准任何人查看書卷。考古團隊的人數也保持有限的數目，始終只有八、九人。每逢一個隊員去世，只可讓另一個學者加入去取代他。事實上，數以萬計的死海古卷殘片，大多僅剩幾公分殘片，彷彿巨大的拼圖工作，因此這一個考古隊其實需要更多的學者協力，才能應付如此龐大的工作量。有些時候，他們甚至還需要更多精通古希伯來語和亞蘭文的專家才行。詹姆斯·范德卡說：「八個專家，不管多高明，根本應付不了成千上萬的殘篇。」

在1967年爆發的「六日戰爭」，以色列自約旦手中奪得了東耶路撒冷、約旦河以西的領土，於是自此死海古卷改為歸以色列監管，但死海古卷的研究團隊仍然維持原來編制，沒有人給書卷的研究小組制定任何不同的政策。發行4號洞穴書卷內容公開的事更公然耽延了近三十年。以〈庫姆蘭社區的共同規則〉為例，該殘篇於1952年就已挖掘在第4洞挖掘出來，但不知為什麼，拖至30年後的1984年才終於第一次公開文章內容，而且全文近150多行卻只公佈了6行，如此無效率的工作成績，讓國際考古學者對此表示強烈不滿。1977年，牛津大學的蓋佐·韋爾邁什教授，更公開抨擊此一獨佔考古資源的事件為20世紀學術界的最大醜聞。由於對於古卷內容的公開，令人感覺遮遮掩掩，於是當時甚至開始出現傳聞說：這是梵諦岡的天主教會基於內容敏感問題，因而在背後故意施壓拖延，以隱瞞某些真相，不願透露書卷中對教會不利的資料。

1980和1990年間，以色列政府在國際學術界的輿論壓力下，終於決定讓研究團隊的人數增加至20個學者。但基本上在他們公開研究結果之前，所有內容仍然限定只能由該團隊的人能接觸，依舊採取保密遮掩的態度。

然而1991年，事情出現了意想不到的重大突破。首先，在1985年於美國成立的聖經考古協會，於1991年正式印行《未發表的死海書卷初版》。這本書是該協會透過各種不同秘密管道，所積極取得的死海古卷照片檔案整理而成，並根據聖經語詞索引，在電腦支援下編成的。接着，美國的加利福尼亞州聖馬力諾的杭廷頓圖書館也公開了他們四處蒐集的死海古卷檔案照片或摹本，並宣布他們願意向任何學者提供整套書卷的圖片，於是《死海書卷摹本》面世，書中圖文並茂，以往沒有發表的書卷現在都能夠一一讀到。原本以色列官方考古團隊打算對他們提出訴訟，以制裁他們的越權行為，但此舉引起考古界的輿論譁然，最後在國際學術界學者們的強大批判壓力下，以色列當局終於讓步，放棄提告的想法，轉而採取開放的態度。

1992年，在新委任的總編輯，耶路撒冷希伯來大學的伊曼紐爾·托夫領導下，研究隊的成員更增至50多位學者。他們訂下嚴格的時間表，要把剩下的抄本，連同學者的詳細評論和修訂，全部付梓。於是，在1990年代，始終被神秘傳聞色彩所包圍的《死海古卷》終於全部印行，如今已可供所有人自由查證。從最後公布的結果清楚表明，其實從一開始，就根本並沒有人企圖隱瞞事實，也沒有任何書卷被人刻意銷毀或藏起來，進度緩慢的原因純粹是古卷殘篇支離破碎，拼圖工作困難，而研究團隊又堅持不擴增團隊人數所致。由於如今書卷內容已全數發行，學術界對死海古卷的全面的分析，也在1990年代終於開始全面積極展開，於是大量的研究書籍陸續出版。

死海古卷的內容已不再是秘密，但到底昔日是誰寫下並封存這些古卷，隨着研究者的增加，如今反而更加眾說紛紜。歸納起來，基本上主要有如下四大假說：

「撒都該派」說

各種用來確定古代文獻年代的方法顯示，這些書卷是在公元前3世紀至公元1世紀抄成或撰寫的，正好是所謂「第二聖殿期」。有些學者認為這些書卷是耶路撒冷聖殿在公元70年遭受毀滅之前，耶路撒冷聖殿的猶太人（撒都該人）把它們藏在洞裡。可是如今大部分研究這些書卷的學者[誰？]卻認為，這個看法與書卷本身的內容並不一致。許多書卷所反映的觀點和習俗，都與耶路撒冷主導聖殿宗教權威的撒都該人看法大相徑庭，因為古卷甚至嚴厲批判耶路撒冷聖殿的腐敗。這些書卷透露：真正相信耶和華上帝的人，早已棄絕了耶路撒冷的祭司和聖殿職事，並把他們這群人在荒漠所作的崇拜，視為取代了聖殿崇拜的安排。耶路撒冷聖殿的撒都該人看來不大可能把這樣的書卷收藏起來。

「艾賽尼派」說

以色列的蘇肯尼克教授曾在1947年為耶路撒冷的希伯來大學取得三份書卷，他是主張書卷曾屬艾賽尼派（或譯「愛色尼派）」社區的頭一個人。

艾賽尼派是個猶太教派。公元1世紀的作家約瑟夫斯、亞歷山卓的猶太名士斐洛和老普林尼都提及過這個教派。至於艾賽尼派的確實起源，至今還未有定論；但可能他們是在公元前2世紀馬加比家族反叛之後的一段動亂時期中崛起的。約瑟夫斯曾報道在該段時期有這個教派存在，並仔細論述他們的宗教觀點怎樣有別於法利賽派和撒都該派。老普林尼則提及在死海沿岸，耶利哥和隱·基底之間，有一個艾賽尼派的社區。艾賽尼派信徒與世隔絕，相信命運和靈魂不死的道理，強調保持獨身，倡導與天使一同崇拜的神秘見解。

研究《死海古卷》的學者詹姆斯·范德卡認為，「住在庫姆蘭的艾賽尼派信徒，只是規模較大的艾賽尼派運動的一小部分而已，事實上還有散落其他各地方的艾賽尼派成員或社區。」約瑟夫斯估計他們的數目約莫有4000人。雖然並非完全符合歷史家所描述的一切細節，艾賽尼派卻比當時任何猶太團體更吻合庫姆蘭經書所顯示的形像。

「奮銳黨」說

也有學者提出假說認為：這是公元66年至70年當時猶太人的奮銳黨反對羅馬的起義（第一次猶太戰爭），被羅馬鎮壓失敗後，猶太教文化面臨滅頂之災，一些猶太教徒將古卷埋在死海附近荒涼而乾燥的地方，以求保全本民族文化。這些人便是發動革命的奮銳黨成員，而此地其實是軍事秘密要塞，類似馬薩達要塞。因為如此，所以在馬薩達要塞，也才會也有類似的陶罐古卷文獻出土。

雖然庫姆蘭很可能有一群抄經士，但許多書卷大概是信徒從別的地方收集得來，然後帶到這裡的。若以這個觀點來看，從某個意義上說來，《死海古卷》只算是個範圍廣泛的「書庫」。像其他書庫一樣，《死海古卷》因此包含了各式各樣的思想，並不一定全都反映收藏者本身的宗教觀點。不過，有些書卷部分書籍存有多份抄本，這個現像仍可能把這個教派的所信仰和格外關注的事反映出來。

「早期基督徒」說

有些學者認為事實上，基督教是在庫姆蘭崛起的，因為實施浸禮與財產公有共產制度的作風，很符合〈使徒行傳〉中對早期基督教會的描寫。讓人聯想到庫姆蘭與使徒時期的基督教會，二者之間是否有所關連。

可是，也有學者指出：庫姆蘭社區的教派跟早期基督徒有很多顯著的分別。在庫姆蘭發現的著作透露，這個教派恪守極嚴格的安息日規條，也要求人嚴守禮儀上的潔淨，而且幾乎達到狂熱的地步。例如他們規定，安息日時，不可離開城市多少步、安息日不可把家中的東西往外搬、家畜或人若在安息日掉到水裡也不可營救……等等許多以現代人的眼光看來，十分誇張而繁瑣的規定。這件事表明他們的主張，跟耶穌和早期基督徒的教訓大相徑庭。與基督徒強調天父是看重人的「內心」，而不是「行為」（指嚴格遵守律法的行為），並大幅放寬外邦人可以不必遵守摩西律法的政策，可說是水火不容。

生命恩泉」- 死海古卷The Dead Sea Scrolls